交通運輸部水運科學研究院成立于1956年，是綜合性水路交通運輸科研機構。 研究院主要圍繞高新技術研究、行業發展咨詢、工程設計承包、新技術產品開發、技術管理培訓、航運產業等方面開展工作。
據2017年12月研究院官網顯示，全院占地面積17.2萬平方米，建筑面積6.6萬平方米，資產總額19.4億元；在職職工1022人，設有7個機關職能部門、7個院屬支持機構、3個院管單位、13個院屬企業、5個專門工作機構、掛靠8個學術組織、2個交通運輸行業重點實驗室、5個院級實驗室、10個院級研究中心。
